生物肥料出产企业发展太快、太多，，但大多是小企业。。它们是车间式出产，，设备技术落后，，员工素质低。。因而，，生物肥料产品质量参差不齐，，产品成分不科学。。

　　其种类繁多，，但大多仍是传统的固氮、解磷、解钾细菌。。其中一些甚至使用酵母，，不足新的和有效的产品。。菌株的靶效不不变，，配方不合理，，抗性差。。

　　它自身的基础钻研和利用钻研还不够，，钻研人员相对不及。。其作用机理尚不明显，，对泥土和作物的影响有待进一步钻研。。基础钻研严重滞后于现实出产，，生物肥料推广未能遵循试验、示范、推广的法式。。

　　不足要的市场监督治理前提，，少数企业在宣传中夸大使用成效，，使用不当的治理伎俩，，甚至出产假冒伪劣产品，，给农夫造成损失。。治理不够规范。。很多未注册的企业或产品，，甚至假冒伪劣产品，，仍在大力宣传、出产、销售，，夸大生物肥料的作用。。